Научный архив (прежнее название – Рукописный фонд) Института ИАЭ ДНЦ РАН действует с момента создания Института  – с 1924 г.  В нем сосредоточены рукописные материалы, которые систематизированы в 16 фондах.

Заведующий научным архивом: Рамазанова Гюли Халифовна.

Фонды научного архива ИИАЭ ДНЦ РАН
Ф. 1. Оп. 1. Документальные материалы по истории досоветского периода.
Ф. 2. Оп. 1. Документальные материалы по истории советского периода.
Ф. 4. Оп. 1. Материалы сессий, конференций, совещаний.
Ф. 5. Оп. 1. Документальные материалы по археологии и этнографии.
Ф. 6. Оп. 1. Фотокопийные и фотоматериалы.
Ф. 6. Оп. 2. Микрокопийные архивные документальные материалы.
Ф. 7. Оп. 1. Отдельные номера газет, отдельные выписки и вырезки из газет.

Фонды научно-исследовательских плановых и внеплановых трудов научных сотрудников института
Ф. 3. Оп. 1. Плановые работы по истории досоветского периода и востоковедению.
Ф. 3. Оп. 2. Плановые работы по истории советского периода (новейшей истории); истории КПСС (источниковедению и историографии); социологии.
Ф. 3. Оп. 3. Плановые работы по археологии и этнографии.

Личные фонды
Ф. 18. Хашаев Х.О.
Ф. 22. Хаджимурадов М.Б.
Ф. 24. Габиев С.И.
Ф. 25. Каяев А.Г.
Ф. 26. Атаев Д.А.
Ф. 27. Котович В.Г.
Ф. 29. Саидов М.-С.Д.
Ф. 31. Алкадари Э.Г.
Ф. 32. Пикуль М.И.

Допуск к материалам Научного архива осуществляется по заявлению (подается лично или посредством заполнения нижеприведенной формы), с разрешения директора Института. Приветствуется наличие прошения о предоставлении доступа к материалам Научного архива со стороны научного или образовательного учреждения по месту работы заявителя (подается лично или посредством прикрепления  файла pdf или jpg в соответствующем пункте нижеприведенной формы).